礦體中硫化鐵和其他金屬硫化物分析圖像顯微鏡
在礦體里保存的作用。這種作用看起來好像是由先前礦井的內部和
外部環境條件造成的。這或許不總是嗜酸氧化亞鐵硫桿菌的作用。
當礦體中硫化鐵和其他金屬硫化物首先在采礦過程中開始氧化暴露
在空氣和水中。改變是不是在煤礦中AMD的形成過程中也有發生。
金屬硫化物局部是高度濃縮的，在這種情況下，它們組成了原礦石
。雖然大部分不含鐵的金屬硫化物是由巖漿和熱液參與的非生物過程，
但是一部分沉積物是生物合成的。在這些硫化物沉淀物合成過程中，通
常是源于細菌還原的硫酸，但是一些特殊情況下，可能是源自有機含硫
化合物的礦化。因為金屬硫化物是相對不溶的，因此金屬離子和生物合
成的硫化物的自發反應是很容易進行的。一些特殊的金屬硫化物礦物已
經在實驗室里進行了生物合成。這些實驗都需要相對不溶的金屬化合物
作起始反應物，以此來消除金屬離子對硫酸還原細菌的毒性。在自然界
里，一些沉積化合物對金屬離子的吸附起到了相似的作用。降低金屬離
子濃度以此來削弱它對硫酸還原細菌的毒性。
金屬硫化物也受到了一些細菌的氧化，如Th嗜酸氧化亞鐵硫桿菌，
氧化亞鐵鉤端螺旋菌，超嗜熱古菌，極度嗜熱菌，以及一些其他的細菌
。這些細菌可以直接氧化，通過破壞金屬硫化物晶格來進行反應，或者
是通過間接氧化過程，通過生成過濾劑(酸性硫酸鐵)，過濾劑再通過化
學過程氧化金屬硫化物，間接氧化機制在溶解鈾礦中是非常重要的一個
過程。微生物氧化金屬硫化物已在工業上被開發應用。用來從低級金屬
硫化礦和含瀝青鈾礦中提取有價值的金屬，并且這種機理在高級礦和富
集礦中已被檢測到。在含瀝青的煤礦中，由于礦化的活性，這個過程看
起來是暴露的，硫化鐵由這些細菌的氧化在工業上是有毒的過程，是因
為有害的酸性礦山廢水的存在。
