用熒光顯微鏡計數微生物菌種培養-細胞儀
要證明一個候選益生元的性質，較好是能反復地進行人類攝食實驗
，并用選擇性培養基的經典平板計數法來證明。這就需要厭氧取樣，執
行絕對嚴格的厭氧操作，并且對廣泛細菌屬的典型總好氧菌和總厭氧菌
進行培養，例如擬桿菌、雙歧桿菌、梭菌、腸桿菌、真桿菌和乳酸桿菌
。由于培養基不可能做到對所有細菌都有選擇性，故對個別菌落要用顯
微鏡檢測、細胞膜三甘油酯組成、典型發酵模式或16S rRNA技術來證明
。
更先進的新技術是熒光免疫原位雜交(FISH)法，其中選擇性雜交細
菌可用熒光顯微鏡計數，或用高通量流式細胞儀來計數。
簡單的報道單一微生物菌種在純培養下或少數幾個細菌屬的細胞數
在復雜的混合細菌(例如糞便)培養條件中的增加，體內或體外實驗的結
果都不能用來證明它具有益生元作用。這是因為這種有限的實驗方法并
不能看作是高度復雜的腸道菌群，也不能反映其中細菌的相互作用�，F
在只有兩種食物組成是符合益生元標準要求的，即菊粉型果聚糖(inuli
n-type fructan)和反式低聚半乳糖。再者菊粉和低聚果糖已被認為是
典型益生元，因為其營養作用符合益生元概念的要求。
