菌種細菌分類特征檢測微生物圖像顯微鏡廠商
對于許多細菌菌株，科學家能鑒定出它們所屬的種。而還有一些細
菌菌株，很難判斷它們是否歸屬于已有的菌種，或足以被定義為新
種。近年來，生物間的蛋白質和DNA相似度被證明是解決以上問題
的可靠方法。
奇怪的是，將細菌所在的屬再歸類到更高的分類等級——科、
目、綱和門比確定屬中的種和菌株要難得多。許多肉眼可見的生物
，可以從化石記錄中確定它們與其他生物的進化關系，從而進行分
類。人們也曾嘗試通過進化關系來進行細菌分類，但是由于化石記
載的不完整和信息有限，這種努力未獲成功。即使有一份完整的化
石記載，但也只能提供形態學方面的信息，不足以確定其進化關系
細菌分類的相關問題
盡管人們在細菌分類方面已做出了極大的努力，但細菌學家對
細菌分類學的看法如下：那些自上而下的分類方式至少能對原核生
物提出比較合理的劃分；提倡從底層向上進行分類的細菌學家能明
確菌株、種、屬，有時還能將細菌歸類到更高層類群。
隨著全基因組測序工作的進展以及越來越多橫向基因傳遞實例
的發現，細菌分類面臨的困難大大加劇了。雖然對少數細菌所屬的
科、目和綱能被清楚地界定，但對大多數的細菌來說，可用的分類
信息實在太少了。
