粒徑、巖石、孔隙度和滲透分析光學顯微鏡
各種無機養分，譬如氮和磷，為生物合成的包括蛋白質、磷脂
和核酸在內的基本化學物質所必需。痕量金屬，譬如鉬、鈷和銅，
則是關鍵酶中的重要組分。雖然這些無機種類為生命所必需，缺少
它們可能會抑制生物的降解，但是，支撐一個穩定的微生物生態系
統也只需要微量，因為這些元素能循環利用。
粒徑和巖性
粒徑、巖性、孔隙度和滲透率均能極大地影響微生物的活動
。一般而言，連通的巖石組構與致密的巖石組構相比可提供更好的
條件，它有利于養分的擴散和細菌的運動。譬如，Brooks等人(198
8)發現在加拿大西部稠油集聚區，粗粒巖性的儲層與細粒儲層的儲
層相比有更強烈的生物降解。另一方面，McCaffrey等人(1996)指
出巖性并非是制約生物降解程度的唯一變數。在加利福尼亞Cymric
油氣田中新世蒙特利(Monterey)原油中，他們發現生物降解程度的
等值線就穿越了巖性的邊界。
大多數烴源巖是孔隙空間小于4μm且低達西滲透率的細粒巖石
。所以，大多數的烴源巖抽提物因有機質不易接近微生物而不曾經
歷生物降解。顯示生物降解證據的抽提物，譬如含有25一降藿烷，
通常來自那些破裂的、高滲透率的、受運移油浸染的巖石。當原油
被吸附在黏土表面時，可能會使其與微生物的攻擊相隔絕。
在被油浸染的巖石中，如果它們的濃度低于飽和閾值就不會發
生生物降解。
細菌優先進入更加連通的巖石組構為微生物介入提高采油率提
供了潛力。在許多老油氣田中，水驅法幾乎已從高滲帶剝離了所有
的原油。通過加入養分，可以促進微生物的生長，這就有可能堵住
這些高滲帶，從而提升低滲產油帶的油井注水強度，使其產出更多
的剩余油
