多種類型微生物-有機物質發酵存在不同發酵途徑
在任何一種環境下，都不可能只存在一種類型的微生物，而共存的
多種類型的微生物之間肯定存在著正面或負面的相互影響。產甲烷
生物反應器這一厭氧生態系統是以其復雜的食物鏈為特點，并且在
食物鏈上不同成分之間存在密切的共生關系。產甲烷菌群也常被作
為一個典型的共生生態系統，在這一生態系統中，生物體以其上一
級消費者的代謝產物為食，而非相互取食。產氫微生物和耗氫微生
物之間的共生關系僅限于一定的氫分壓范圍之內，超過這個范圍，
其中的相互作用體中的某一方就可能會受到熱力學方面的不利影響
而失去共生關系。這種情況可能發生在高負荷的易降解化合物的消
化中，也可能由抑制性化合物的潛在作用引起。消化反應器中，抑
制甲烷產生的化合物通過兩種途徑發揮作用：一是在厭氧降解過程
中微生物直接作用；二是刺激其他微生物大量生長，讓它們同產甲
烷菌或者同在降解反應鏈中處于產甲烷菌之前的微生物形成競爭，
來降低甲烷的產量和造成其他不利影響。
兩種或多種微生物之間的競爭關系是一種不利關系，因為它們
會對彼此的生存和生長造成不利影響。競爭也被認為是生物體之間
較重要的一種關系，是能夠說明導致物種進化的選擇性壓力的主要
依據。
厭氧菌之間的競爭關系可被大致分為動力學競爭和熱力學競爭
動力學競爭指的是，在忽略熱力學競爭可能成為潛在機制的情況下
，通過對微生物的生長進行動力學測量，來檢測其競爭能力。熱力
學競爭是指一種生物體之所以能夠在低于較小底物濃度(閾值濃度)
的條件下生長，是因為在物質轉化的過程中，微生物能夠攝取其他
生物體所產生的更高的能量。
有機物質的厭氧發酵過程存在有不同的發酵途徑，不同途徑的
聯合作用所產生的能量也各不相同。然而，因為厭氧發酵是微生物
細胞為獲得較大的能量和較優的氧化還原平衡而對自身進行的內在
優化，不同途徑所產生的能量其實是等量的。這就造成了這樣的一
個結果：發酵中的競爭性相互影響主要是動力學特點決定的。大多
數對厭氧發酵微生物之間的競爭性的研究主要是針對胃腸道系統的
，所知的研究只有很少針對的是厭氧消化過程。
