激光熒光顯微鏡能夠對較厚樣品產生的聚焦圖像
光學切片和3D圖像
激光共焦熒光顯微鏡的特別之處在于能夠對較厚樣品產生的聚焦圖
像進行光學切片測試。這是與透射電子顯微鏡以及其他傳統的測試方法
相比的一個巨大優勢。比如對于透射電子顯微鏡，其樣品必須制備成對
電子束透明，一些大體塊以及堅硬的材料，通常會借助金剛刀進行切割
，但是這樣就破壞了材料本身。同樣透射電子顯微鏡也無法實現三維成
像。
一般熒光顯微鏡對于薄樣品可獲得清晰的圖像，但當樣品較厚時，
物平面之外的熒光分子也會被激發，而這些光在像平面上是彌散的，因
而會干擾成像質量。
只有對紫外和熒光透明的樣品才能獲得三維圖像。實際應用中，即
使是透明的樣品，在激光共焦熒光顯微鏡下，當對樣品較深的平面掃描
時，激光束的強度往往也會變得很弱。結果就是在這些區域的圖像較暗
。
二維圖像是從一個方向觀測樣品獲得的(比如從頂部)，它們并不能
提供其他視角的信息(比如頂部、底部、側面或斜面)。在得到樣品所有
不同層面的二維掃描圖像后，計算機軟件可以通過將不同層面的光學切
片整合起來從而精確地進行三維圖像構建。計算機強大的圖片和數字圖
像存儲使得三維重建過程簡單且快速。
