研究的物種蛋白質結構、功能生物電子顯微鏡
蛋白質定性可能會包括結構、功能和遺傳學的信息，要進行這樣的
研究很可能會需要至少克級量的純蛋白質。理想的純化應當步驟少
、每步的回收率高，然而，如果每步的回收率差(<50％)，應當有
一些指標來表明是什么原因導致了活性損失，是因為追求純度而丟
棄在其他組分中了，還是活性真的損失了。如果是后一種情況，終
產物的活性會低于總活性，盡管用標準分析會顯示很好的同質性(h
omogeneity)。在每一步的回收率和純化效果之間的選擇會是一個
問題，取層析峰的一個窄截取(cut)峰會得到很純的組分，但是在
另一方面也損失了大量的較低純度的活性成分，在做這樣的抉擇時
，必須要遵循這樣的準則：如果產量不重要，那么為了純度而選擇
低產量就合乎邏輯。
蛋白質純化的原料
對于從事蛋白質純化項目的許多人來說，原料是無法選擇的，
他們正在研究某一特定的生物組織或器官，目的是從這種原料中純
化某種蛋白質，但是仍然可以找到一些稍簡單的方法。例如，如果
很難得到大量的原料，較好先用易得原料的物種進行試驗，典型的
例子是：當所研究的物種是人時，由于實際情況和(或)道德的原因
而不容易得到組織樣品。在這種情況下，通常到容易得到哺乳動物
組織的地方(如屠宰場)，使用牛、綿羊或豬的替代原料進行試驗，
一旦設計出一種從替代原料中純化蛋白質的方案，那么要研制一種
從人原料中純化蛋白質的方案就會容易得多——使用完全相同的方
法就會取得滿意的效果。在大約1億年(這是將大多數高等哺乳動物
分類在一起的一個時間范圍)間分化的物種之間，蛋白質含量的差
異十分微小，這樣，來源于不同動物的蛋白質用各種分級分離的方
法分離時，其分離行為很可能相似。如用豬的組織設計出的一種方
案很可能只需要進行很小的修改就可以用在人的組織上。
另外主要關注蛋白質(特別是酶)的功能。在整個進化過程中，
通常情況下，哪些功能和作用是十分保守的?在這種情況下，對可
能的原料來源進行初步的篩選，較好也對文獻進行初步的篩選，然
后再確定適合于研究目的的原料。
