樣品的固定-取樣后使用立體顯微鏡對樣品篩選
根莖系統。部分岸邊生植物(例如，榿木)中的一部分根莖系統自由
伸展在水中。這類植物的取樣和苔蘚類大型植物一樣。其他水生雙
子葉植物的根莖則深入到基質中。此種情況下，則需要將其根部以
上的梗切割下來，并拔出放置在抄網中。測量結果可表述成每尺植
物的無脊椎動物數量(或生物量)。
靜水區域
上述大部分微生境都位于靜水區域，因此可通過相同的方法進
行取樣；但有時可能需要用浮游生物網對水柱進行取樣。
定性取樣
定量取樣所使用的方法同樣也可以用于定性取樣，但定性取樣
的測量結果表述沒有限制。
樣品的固定
較佳的方法就是在取樣完成后立即對樣品進行篩選。此時的生
物仍然為活體并容易識別，因為一般情況下這些生物還可以移動，
即使體型為1～2mm的生物也可很好地識別。如果確實無法進行上述
操作，則必須使用如10％甲醛的固定液將樣品固定。在實驗室中，
必須將多余的甲醛去掉(甲醛被認為具有致癌作用)，并將多余的甲
醛收集起來；然后將樣品放置在和取樣中所使用的抄網孔徑一致的
篩子上進行清洗。隨后，我們使用低放大率的光學顯微鏡對樣品進
行篩選。在進行更加詳細的鑒定之前，應將挑選出來的樣品放置在
含有酒精(濃度至少應為70％)的器具中。
