顯微鏡測定土壤中微生物的形狀和分布是特別有用
土壤直接顯微鏡術直接檢查對測定土壤中微生物的形狀和分布是特
別有用的，薄片技術，象普通光學顯微鏡用于微形態學一樣，用來觀測
土壤結構，根系穿透力以及土壤動物群，但薄片通常還不能薄到可以觀
測微植物群落，熒光染色劑例如硫酸鎂、熒光異硫氰酸鹽能將光線集中
在土壤就是哦表面上，因此，熒光技術能夠觀測土壤粒上的微生物。
薄片技術和透射電子顯微鏡技術用于研究土壤結構與微生物的相互
作用和觀測根系上的微生物證明是有用的，透射電子顯微鏡術中使用的
復合掩技術使得區別土壤顆粒和微生物是很困難的，能給出三維圖像的
掃描電子顯微鏡術對顯示微生物生境和微生物本身的形狀和結構則很優
越，細菌通常包封在粘液中很難看見，而真菌和放線菌的結構則很容易
測到，掃描電子顯微鏡術是基于一個很小的電子控針快速移動掃過土壤
表面，電子探針的向后散射的電子產生三維效果，通過在特殊波長下測
量向后散射電子或通過使用能聚集很狹窄限定波長的電子探針，就能夠
分析各個體營養物，因此，盡管仍存在一些儀器上的問題，但進行根系
和土壤生物的原位分析已成為可能。
埋片技術是把玻片埋在土壤中過一段時期，微生物粘附于玻片上，
取出玻片并染色，能夠觀測到土壤種群的本質，生物不同類群和菌落形
成類型之間的相互關系在不含添加營養物的玻片上很容易得到，如果添
加一個清晰的涂層，例如賽璐玢，就能夠觀測復合基質拓殖化的次序，
在玻片上涂一層膠粘劑，讓玻片的膠小表面與土壤接觸，然后用顯微鏡
檢查可獲取微生物分布的一些資料。
在土壤孔隙或土壤團聚體內生長的微生物在扁平玻片表面所見到的
這種關系就不完全具有代表性，一些學者使用土壤鏡已經遇到了這種困
難，這些土壤鏡是薄的，扁平的光學毛細管，內壁涂層加營養物和不加
營養物兩種埋入土壤中，并保持原狀在土壤中一段時間足以達到穩定狀
態，制備這種扁平的光學毛細管需做大量的工作，因而這種技術不能廣
泛使用，其他一些學者使用細尼龍篩埋入土壤中，這種網紗在移動時要
固定和染色，在埋入后不同時間計數網紗上波真菌填滿的孔隙數目而喬
真菌發育情況。
