不同類型顯微鏡顯微樣品制備方法各不相同
顯微觀察的樣品制備顯微術的樣品制備可以是很簡單的如放置載
玻片，或復雜的如超薄切片或是在使用透射電子顯微鏡時安裝銅格柵。
一般來說，樣品制備的變化取決于觀察的目的和所用顯微鏡的類
型。
可存活微生物通常是借助濕法安裝（wet mount ）來觀察。在這
里，細胞懸浮在水、鹽水或其他液體媒質中，液體維持生存力并允許
細胞移動。濕法安裝可以在一個有蓋玻片的簡單載玻片或是有特殊構
造的載玻片上完成。
例如，在后一種情況中，含有樣品的液滴可以放置在玻璃蓋玻片
上，然后將凹面朝下的載玻片放在蓋玻片上。倒置蓋玻片和載玻片，
液滴會懸掛在蓋玻片上。因為凹面朝下，液滴不會受載玻片的影響，
這樣會產生懸滴（hanging drop） 懸滴載玻片在監測細菌游動性方
面很有用。相差或DIC 顯微鏡經常使用濕法安裝來使樣品的對比度較
大化
盡管在濕法安裝中可以確定形態，但這一般是比較困難的，這是
因為缺少樣品和周圍媒介之間的對比和細節，同時也因為微生物是運
動的。
另外一種觀察形態和其它內部結構的方法是在載玻片中將樣品固
定、染色。這樣觀察到的僅是非存活生物，這是因為固定和染色的過
程會殺死生物。細胞的固定是在載玻片上將細胞的液態懸浮物涂抹成
薄膜，在空氣中晾干，制成涂片（smear ）。
然后將涂片在火上輕微加熱幾秒鐘使其固定在載玻片上。用能看
見細胞細節的染料將涂片染色。有許多不同的染料供選擇，但通常將
它們分為帶正電荷的堿性染料（basic dye ）和帶負電荷的酸性染料
（acidic dye）。帶負電荷的細胞成分如核酸吸弓I 堿性染料，那些
帶正電荷的如一些細胞膜成分，吸引酸性染料。
