子囊菌使用體視顯微鏡即可觀察外觀
大部分的子囊菌不需經過切片，僅藉由具子囊、子囊孢子之形態即可鑒定，
審慎的以體視解剖顯微鏡觀察子囊果之外部形態也是不可或缺的，耐心的做好清晰可
辨分類特征的玻片，加上懂得如何收集文獻，必能解決你所遇到病原子囊菌之鑒定問題
盤菌綱依子囊之形態區分為三大類，一、具囊蓋(operculate)子囊：頂端具有蓋
子之開口﹔二、不具囊蓋(inoperculate)子囊：具孔狀開口或不規則開裂﹔三、喙
狀開裂(rostrate dehiscence)子囊：孢子釋放時外層壁開裂，而內層壁之上端部分
擠壓出來。第三類之菌都屬于地衣(lichen)，其特性明確，故不在此另加敘述。
具囊蓋子囊常伴隨有其他特征，如子囊為長圓柱形(少數倒卵形)，頂端顯著截平
(truncate)，子囊孢子圓或橢圓形，且上下左右對稱，單細胞而通常表面具有紋飾﹔
而不具囊蓋子囊伴隨的特征有：子囊孢子對稱或不對稱，大小相對的較前者小，
單至多細胞，表面平滑。僅Pezizales 目具囊蓋子囊，且已知僅有Rhizina 屬造成
植物病害﹔其馀的非地衣之盤菌皆屬不具囊蓋子囊之種類。除子囊形態外，其他
重要之分類特征包括有
(1)子囊盤之形狀及其外壁之細胞組成。
(2)以碘液染子囊，在不同部位所呈現出之藍色反應。
(3)隔絲頂端：有無分叉、有無淀粉反應是否黏著在膠質中或相互糾結形成組織。
(4)菌絲是否有膠質成分。
(5)子囊孢子之大小、顏色、形狀、質地、有無內含之油滴或氣泡、有無外套膜
