使用光學顯微鏡或是顯微照相機觀察菌體形態
菌體形態之研究方法
有關菌體形態的研究使用光學顯微鏡或是顯微照相機，憑借肉眼來觀察量測，但是這樣的方法太耗費時間，且菌體的分析量偏低。之后將顯微照相機與電腦結合并將資料數位化，使得估算一連串生長形態指數的速度更加快速。在進行此類研究時數據的描述與定義足很重要的，例如effective hyphal length ( 主要菌絲平均長度) 、 maximal hyphal length 以及Caldwell 和Trinci (1973) 定義hyphal growth unit(G) ：全部菌絲長度除以生長尖端的數目總和，也就是當菌絲體長度減少或是分支情形增加G 值就會下降，而這定義是假設所有的菌絲寬度皆一樣。
另外，像是主干菌絲長度和分支菌絲長度，也是常見的絲狀菌絲的形態參數。接著就是了解其他工程上的參數，包含剪切力、氧氣張力以及比生長速率。
過去的量測技術在分析大量的真菌時需要耗費相當長的時間，且結果的優劣往往取決于操作者的技術，因此，影像分析技術(Image Analysis) 被應用到菌絲體的生長形態量測，不僅縮短了分析時間，也能夠分辨出球狀與分散狀的菌絲體外型。通常，菌體形態不僅影響發酵液之黏度與質傳效應，也與代謝產物的生成有密切的關連性
