菌絲結構的表面形狀和微細結構分析圖像顯微鏡
電子顯微技術：
如利用掃描電子顯微鏡，能觀察到微生物的三維立體形象，
使得真菌的孢子及菌絲結構的表面形狀，將形態學的鑒定提昇層次。
而利用穿透式電子顯微鏡，可觀察游走孢子及子囊的微細結構，
可明顯顯示各種相關種真菌的差異及關系。
菌絲或孢子等樣品也可用超薄切片或冰蝕（freeze-etching technique）
等不同技術處理后，觀察其內或外部的細微形態結構。
電泳技術：
帶電粒子（如膠體粒子等）在電場中會往電荷相反的電極移動，
稱為電泳（electrophoresis）。電泳的種類很多，
現在較常用于生物及微生物鑒定的是聚丙烯酰胺凝膠電泳（polyacrylamide gel electrophoresis, PAGE），
它兼有分子篩（molecular sieve）和電泳的雙重作用，
能將不同蛋白質和酶等混合物，精細地將DNA片段分離出來，近年來采用此法，
除可鑒定真菌外，尚可用于細菌及線蟲等方面的鑒定。
在電泳的過程中，帶電荷的分子被放在電場中，
使得這些帶電荷分子往正極或負極移動，這些分子會因為它們各自不同的電荷及大小而移動不同的距離，
藉此將它們分開，實際上，DNA片段的混合物常被放在一片做好的膠片的凹槽中。
膠體的濃度隨著所欲分離的DNA片段就會朝著電極的一端移動
（帶負電荷的DNA片段會朝向正極移動）。
每一個片段移動的速率會與它的分子量的對數值成反比，
因此這些片段可以依據其分子大小而被分開。一段簡單的DNA可能只會產生幾個亮帶（band）
