甲醇對眼睛的毒性早在二十世紀初就已經被發現，其可造成失明的嚴重后遺癥。甲醇的眼睛毒性作用主要發生在視神經節細胞及神經髓鞘，因為代謝物甲酸的累積，抑制了細胞粒線體的細胞色素氧化酶(cytochrome oxidase)功能，而損傷細胞；臨床上可出現視覺上的閃光、模糊、色覺異常、甚至發生視野縮小、盲點(scotoma)、甚至視覺喪失的現象，眼睛檢查可以發現瞳孔擴張、瞳孔反射異常，以及急性期的視神經盤充血及水腫，較終則出現視神經盤萎縮的病灶；視網膜本身一般并無異常特征。
甲醇中毒，除非能及早有所懷疑，否則并不容易被診斷出，立即的治療主要在于矯正代謝性酸中毒、維持生命征象(vital signs)、減緩及移除甲醇及其代謝等方式(包括使用fomepizole、ethanol、及血液透析等)，即便如此仍然可能留下視覺喪失的后遺癥，因此為眼科的急癥。
人工糖精阿斯巴甜(aspartame)，商品名包括NutraSweet、Equal、及Canderel等，近年來就被部分人士(Betty Martini's conspiracy theory)詬病，在體內可被代謝成為甲醇及其他物質，因此對身體可能會造成許多傷害(甚至癌癥)，而發起反糖精運動；不過目前科學界仍普遍認為在一般劑量下，糖精是安全無虞的。
