細胞間的訊息傳遞依照訊息釋放者和訊息接收這的距離可以分成三大類。
第一類是極短距離的訊息傳遞；
這種訊息傳遞的模式發生在細胞直接接觸彼此的情況下，
例如，動物細胞間的Gap junctionc或相鄰植物細胞間的Plasmodesmata；或者，
相鄰細胞間會靠著細胞膜上的特殊醣蛋白藉著細胞辨識（Cell-cell recognition）來傳遞訊息給對方。
第二類是區域性的訊息傳遞（Local signaling）。這種訊息傳遞的方式非常常見，發生于鄰近但彼此沒有直接接觸的細胞之間。這種訊息傳遞的方式，在免疫系統中，神經訊號傳遞，生物胚胎發育的過程中扮演著重要的角色。
以果蠅的生長發育為例來和區域性訊息傳遞在發育過程中的重要性。
果蠅是一種必須經過蛹期（Pupa stage）才會由幼蟲發育為成蟲的昆蟲。果蠅幼蟲的體內存在有數個映像盤（Imaginal disc），包括將來會發育為口器的口盤，發育為眼睛和觸角的觸角 - 眼盤等等，這些映像盤在果蠅三齡幼蟲時開始進行分化（differentiation），持續到蛹期結束，果蠅成蟲的各個重要器官（口器，觸角，複眼，腳，背板，翅膀，平衡桿，生殖器）才由映像盤分化完成。
在這些映像盤之中，眼盤（eye disc）是一個被用來研究細胞分化常見的材料。
