一般人對細菌的印象是，細菌是有害的、會讓人生病的，但事實相反，有益的細菌遠多余有害的。
例如，某些細菌的固氮作用能幫助土壤肥沃，細菌是食物鏈中非常重要的分解者，它們不但分解廢棄物、避免尸體堆積，也把某些像蛋白質這類物質，轉換成其他生物可以使用的東西。

植物和動物的生命都仰賴細菌的活動，如果沒有細菌，各種營養素的循環就會打結。我們的腸道也有細菌，可以合成人體所需的維他命，也可以幫助消化某些東西。人如果服用大量的抗生素毀滅了腸道細菌生態，接著就會產生各種腸胃毛病。

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